Ataksja rdzeniowo-móżdżkowa: jest to wrodzona, dziedziczna choroba układu nerwowego, która prowadzi do postępującego uszkodzenia móżdżku i rdzenia kręgowego. W efekcie zaburzone zostaje koordynacja ruchowa, równowaga oraz precyzja wykonywanych czynności. Objawy mogą pojawiać się w różnym wieku – od szczeniąt do psów dorosłych – i obejmują: niepewny chód, chwianie się na nogach, kołysanie głową, trudności z utrzymaniem równowagi, a w zaawansowanych stadiach również upadki. W niektórych przypadkach mogą występować drżenia mięśniowe i osłabienie siły kończyn. Rozpoznanie stawia się na podstawie badania neurologicznego oraz obserwacji klinicznej. Niestety, choroba jest postępująca i nieuleczalna, a leczenie ogranicza się do wsparcia opiekuńczego, terapii fizjoterapeutycznej i dostosowania środowiska psa w celu minimalizacji ryzyka upadków i urazów. Chihuahua zaliczane są do ras predysponowanych do występowania SCA, choć dokładny mechanizm dziedziczenia nie jest jeszcze w pełni poznany.

Lipofuscynoza neuroceroidalna: jest to wrodzona, dziedziczna choroba neurodegeneracyjna, prowadząca do stopniowego gromadzenia się lipofuscyny w neuronach, co powoduje ich uszkodzenie i śmierć komórek nerwowych. W zgłoszonych przypadkach u chihuahua pierwsze objawy kliniczne pojawiały się około 16. miesiąca życia, a choroba prowadziła do śmierci około 24. miesiąca życia. Wśród objawów wyróżnia się: upośledzenie wzroku, zmiany w zachowaniu (m.in. lęk), brak koordynacji ruchowej, a w stadium końcowym również trudności w jedzeniu i drgawki. Rozpoznanie opiera się na obserwacji klinicznej, badaniach neurologicznych oraz testach genetycznych, które pozwalają potwierdzić obecność mutacji wywołującej chorobę. Niestety, NCL jest nieuleczalna, a leczenie ma charakter wyłącznie wspomagający – obejmuje opiekę paliatywną, dostosowanie środowiska i wsparcie w codziennych czynnościach psa. Chihuahua należą do ras predysponowanych do tej choroby, co podkreśla znaczenie świadomej hodowli i badań genetycznych w celu ograniczenia występowania NCL w populacji.

Martwicze zapalenie mózgu i opon mózgowych: ostre lub przewlekłe nieropne, martwicze zapalenie mózgu i opon mózgowych. Choroba jest podobna do tej, występującej u ras takich jak mops czy maltańczyk. Objawy pojawiają się u psów w wieku od 1 do 10 lat i obejmują napady padaczkowe, utratę widzenia oraz zmiany w zachowaniu i funkcjach poznawczych. Choroba ma przebieg postępujący i prowadzi do pogorszenia funkcji neurologicznych. Rozpoznanie opiera się na badaniach obrazowych mózgu (MRI) oraz, w przypadkach potwierdzonych, badaniach histopatologicznych po biopsji. Leczenie jest trudne – obejmuje stosowanie leków przeciwdrgawkowych oraz immunosupresję, aby spowolnić proces zapalny i martwiczy. Rokowanie jest w większości przypadków poważne, a choroba często prowadzi do przedwczesnej śmierci psa.

Mielopatia zwyrodnieniowa: to postępująca choroba układu nerwowego, która prowadzi do stopniowego osłabienia i zaniku funkcji motorycznych tylnej części ciała psa. Choroba ta wynika z degeneracji rdzenia kręgowego, co objawia się m.in. trudnościami w chodzeniu, koordynacji ruchowej, a w zaawansowanym stadium może prowadzić do paraliżu. U chihuahua mielopatia zwyrodnieniowa jest stosunkowo rzadka. 

Nabyta miastenia: choroba autoimmunologiczna, w której organizm psa wytwarza przeciwciała przeciwko receptorom acetylocholiny w mięśniach, prowadząc do osłabienia przewodnictwa nerwowo-mięśniowego. Chihuahua zaliczane są do ras predysponowanych do rozwoju zarówno uogólnionej, jak i ogniskowej postaci nabytej miastenii. Najczęstsze objawy to ogólne osłabienie mięśni, czasem połączone z rozszerzeniem przełyku, co może prowadzić do trudności w przełykaniu i aspiracji treści pokarmowej. Rozpoznanie stawia się poprzez oznaczenie przeciwciał przeciw receptorom acetylocholiny w surowicy krwi. Leczenie obejmuje stosowanie leków zwiększających przewodnictwo nerwowo-mięśniowe (np. inhibitory acetylocholinoesterazy) oraz immunosupresję w przypadkach uogólnionych.

Padaczka idiopatyczna: to przewlekła choroba neurologiczna, w której dochodzi do występowania nawracających napadów padaczkowych bez uchwytnej przyczyny organicznej. Choroba ta może przyjmować postać napadów uogólnionych lub częściowych, o różnym stopniu nasilenia. Pierwsze objawy najczęściej pojawiają się u młodych psów, zazwyczaj przed ukończeniem pierwszego roku życia, chociaż mogą również wystąpić w późniejszym okresie. Napady mogą mieć charakter łagodny, przebiegający z chwilowym zaburzeniem świadomości lub drżeniem części ciała, albo ciężki, obejmujący utratę przytomności, drgawki toniczno-kloniczne i inne objawy neurologiczne. Przyczyna padaczki idiopatycznej nie jest w pełni poznana, jednak badania sugerują, że ma ona podłoże genetyczne, mimo iż dokładny sposób dziedziczenia pozostaje nieustalony. Leczenie choroby polega na długoterminowym stosowaniu leków przeciwpadaczkowych, których celem jest kontrolowanie napadów i zmniejszenie ich częstotliwości.

Wodogłowie: wrodzone schorzenie polegające na zwiększonej objętości płynu mózgowo-rdzeniowego (CSF), prowadzące do rozszerzenia układu komorowego mózgu i zmniejszenia ilości tkanki mózgowej. W efekcie może dochodzić do zaburzeń zachowania, defektów wzroku, upośledzenia funkcji motorycznych lub występowania napadów padaczkowych. Wcześniej łączono występowanie wodogłowia z obecnością ciemiączka, jednak nie jest to prawda. Rozpoznanie wodogłowia wymaga badań obrazowych, takich jak tomografia komputerowa (CT) lub rezonans magnetyczny (MRI), a także obserwacji klinicznej. Leczenie zależy od nasilenia objawów i może obejmować zarówno farmakoterapię (leki zmniejszające ciśnienie wewnątrzczaszkowe), jak i w wybranych przypadkach interwencję chirurgiczną (np. wszczepienie zastawki komorowo-otrzewnowej). Według Dorna, ryzyko wystąpienia wodogłowia u chihuahua jest około 62,63 razy wyższe niż u innych ras.