Dysplazja stawów biodrowych DSB: dziedziczna, wielogenowa choroba zwyrodnieniowa stawów biodrowych, której może towarzyszyć stan zapalny. Objawy to: niechęć do ruchu, pokładanie się po spacerze, nasilenie objawów po odpoczynku, królicze skoki podczas szybszego biegu. 

Dysplazja stawów łokciowych: wielogenowe, dziedziczne schorzenie, dotyczące stawów łokciowych polegające na nieprawidłowym wykształceniu powierzchni stawowych. Dysplazja może powodować ból, sztywność stawów i kulawiznę. Towarzyszący mu stan zapalny może prowadzić do zwyrodnienia tych stawów. 

Goniodysplazja/dysplazja więzadła grzebieniastego: to wada anatomiczna dotycząca kąta przesączania w oku, czyli miejsca, w którym odpływa ciecz wodnista. U zdrowego psa kąt ten jest dobrze rozwinięty, co pozwala na swobodny odpływ płynu, utrzymując prawidłowe ciśnienie wewnątrzgałkowe. W przypadku goniodysplazji dochodzi do nieprawidłowego rozwoju struktur tej okolicy, co może prowadzić do utrudnionego odpływu cieczy i zwiększonego ryzyka rozwoju jaskry, która nieleczona może prowadzić do ślepoty. Choroba ma podłoże genetyczne, badanie przeprowadzone na 72 psach rasy bouvier des flandres wykazało, że 37,5% z nich miało różny stopień goniodysgenezy, choć wszystkie miały prawidłowe ciśnienie wewnątrzgałkowe i nie wykazywały objawów. Analiza rodowodowa sugeruje dziedziczenie recesywne, co oznacza, że nosiciele mogą przekazywać wadę potomstwu, nawet jeśli sami nie wykazują objawów. Dysplazja więzadła grzebieniastego występuje często zarówno u zdrowych, jak i u chorych na jaskrę psów rasy bouvier des flandres. U psów dotkniętych jaskrą zmiany te są szczególnie nasilone, co potwierdza, że są istotnym czynnikiem predysponującym do rozwoju choroby. Z tego względu zaleca się regularne badania okulistyczne, zwłaszcza u psów przeznaczonych do hodowli, aby ograniczyć ryzyko przekazywania tej wady kolejnym pokoleniom.

Polineuropatia rozlana: to rzadka choroba neurologiczna, która pojawia się u psów w wieku od 1 do 3 lat. Powoduje osłabienie wszystkich czterech kończyn (tetraparezę) bez utraty koordynacji ruchowej, co oznacza, że pies nie ma problemów z równowagą, ale jego ruchy stają się coraz mniej energiczne. Charakterystycznym objawem jest również opóźniona reakcja proprioceptywna, czyli trudności w prawidłowym ustawianiu łap na podłożu. Choroba wpływa także na mięśnie i nerwy twarzy, charakterystyczne jest niepełne zamykanie powiek, które występuje obustronnie. Obserwuje się również osłabienie napięcia mięśniowego oraz stopniowy zanik mięśni w kończynach. Dodatkowo dochodzi do zaniku niektórych odruchów nerwowych, w tym odruchu rzepkowego i odruchu skórnego tułowia, a także osłabienia odruchu zginania we wszystkich kończynach. Mimo tych objawów psy nadal odczuwają ból i reagują na bodźce dotykowe, co odróżnia tę chorobę od niektórych innych neuropatii. W chorobie tej nie występuje porażenie krtani, które jest charakterystyczne dla innych rodzajów polineuropatii. Badania histopatologiczne wykazują, że choroba prowadzi do uszkodzenia dużych, mielinowych włókien nerwowych, co powoduje problemy z przewodzeniem impulsów nerwowych i stopniowe osłabienie mięśni. Wstępne badania genetyczne sugerują, że rozlana polineuropatia jest dziedziczona w sposób autosomalny recesywny, co oznacza, że pies musi otrzymać wadliwy gen od obojga rodziców, aby zachorować. Ze względu na poważne konsekwencje zdrowotne i dziedziczny charakter choroby zaleca się badania genetyczne hodowlanych psów rasy bouvier des flandres oraz eliminowanie chorych osobników z dalszego rozrodu. Wczesna diagnoza może pomóc w kontrolowaniu objawów i poprawie komfortu życia dotkniętych zwierząt.

Zwichnięcie rzepki: to wielogenowa, dziedziczna, wrodzona wiotkość więzadeł rzepki, prowadząca do jej zwichnięcia, czyli przemieszczenia na stronę przyśrodkową lub boczną poza krawędź bloczka kości udowej. Objawia się kulawizną i bolesnością, może doprowadzić do zwyrodnienia stawu kolanowego. Zalecane jest leczenie chirurgiczne.